В проект контракта можно включать условия о том, что при неисполнении обязательств заказчик производит оплату за вычетом неустойки (штрафа, пени)

Включение в проект контракта условия о том, что в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, предусмотренного контрактом, заказчик вправе произвести оплату за вычетом соответствующего размера неустойки (штрафа, пени), не противоречит требованиям Закона о контрактной системе.

При этом оплата по контракту осуществляется на основании акта приемки товара (выполненных работ, оказанных услуг). В нем указываются сумма, подлежащая оплате в соответствии с условиями заключенного контракта; размер неустойки (штрафа, пени), подлежащей взысканию; основания применения и порядок расчета неустойки (штрафа, пени); итоговая сумма, подлежащая оплате исполнителю по контракту.

Источник: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71195618/?prime